Miasto Filipów, założone przez Zygmunta Augusta na terenie włości szembelowskiej, utworzonej w 1512 roku przez Chociana Szembela, nie posiada wzmianki o szkole ani w dokumencie erekcyjnym z 8 września 1570 roku, przyznającym mu prawo magdeburskie, ani w dokumencie z 29 lipca 1571 roku, uposażającym tamtejszą parafię. Pierwszy starosta filipowski, Aleksander Gwagnin, nie zdołał wybudować szkoły. Dopiero drugi, Krzysztof Morsztyn, mając na myśli uczynienie z Filipowa centrum arianizmu na Litwę, wystarał się za pośrednictwem swego współwyznawcy, Mikołaja de Buccelis, nadwornego lekarza królewskiego, o erygowanie tu gimnazjum. Odpowiedni dokument pisany na pergaminie, opatrzony podpisem Stefana Batorego i wiszącą pieczęcią Wielkiego Księcia Litewskiego, został wydany w Niepołomicach 28 maja 1585 roku.
   Czytamy w nim, że obywatele filipowscy, już od kilku lat powziąwszy zamiar utworzenia w swym mieście gimnazjum, po większej części wybudowali odpowiedni budynek, lecz zwątpili, czy z powodu swego ubóstwa zdołają postarać się o dobrego, wykształconego i doświadczonego rektora dla swej szkoły. Zwracali się więc z prośbą do króla, aby ten ze swej łaskawości wyznaczył wieczysty fundusz na utrzymanie nauczyciela. Ponieważ królowi zależało na tym, by młodzież zdobywała dobrą naukę i miała doświadczonych wychowawców, a obywatele filipowscy mogli łatwiej zbudować gimnazjum i utrzymać nauczyciela, nadał temu gimnazjum, na wieczne czasy, siedem nieuprawionych łanów gruntu, z tych sześć łanów pod gospodarstwo rolne, siódmy na zadrzewienie. Zostały one wydzielone - za zgodą starosty, Krzysztofa Morsztyna - z łanów miejskich, leżących między wioskami Zusenko a Motułe, tuż przy proboszczowskiej wiosce funduszowej Tabałówka. Pożytki płynące z włók szkolnych nie mogły iść ani na korzyść starosty filipowskiego, ani na miasto, lecz jedynie na potrzeby nauczyciela. Gdyby na jakiś czas go w szkole zabrakło, wówczas wszelkie dochody należało wręczyć w całości temu nauczycielowi, który zostanie na urząd wprowadzony.
    Gdy po wojnie szwedzkiej proboszcz Gutowski zajął fundusz pod swój zarząd, mieszczanie skarżyli się w 1668 roku wizytatorowi biskupiemu, że niesłusznie czynił pobierając dochody z siedmiu łanów gruntu przeznaczonych na nauczyciela, nie troszcząc się o rektora. Proboszcz otrzymał surowy nakaz, aby natychmiast postarał się o odpowiedniego do nauczania młodzieży bakałarza, a wszelkie pobrane dochody mu zwrócił. Jeszcze raz czytamy, że tuż przed rozbiorami Polski „mieszczanie proboszcza z posesji rzeczonych siedmiu włók gwałtownie wybili, one różnym osobom słownie sprzedali na wieczność i on fundusz do 30 talarów pruskich tylko doprowadzili, z których oprócz dostarczenia opału, nauczyciel ze wszystkiem utrzymać się powinien, co jest rzeczą zgoła nieodpowiednią". Ponieważ nabywcami byli przedmieszczanie jemielistcy, dlatego podczas przeprowadzonej kolonizacji włóki szkolne zostały przyłączone do trójpolówki wsi Jemieliste i wnet ślad po nich zaginął.
    Według erekcji obywatele Filipowa wybierali na nauczyciela czterech kandydatów, z których starosta filipowski miał zatwierdzić najbardziej odpowiedniego". Szkoła, od swego założenia aż po wiek XX, była kilkakroć odbudowywana „na placu takim zaraz przy cmentarzu danym od miasta, ile budynek miejsca zabrać może"; ani ogródka, ani podwórka dla wygody nauczyciela i dzieci nie było.
    Należy przypuszczać, że gimnazjum fllipowskie w pierwszym okresie swego istnienia należycie spełniało swą rolę oświatową. Złożyło się na to wiele przyczyn. Wskutek rozwoju gospodarczego na przełomie XVI i XVII wieku rozkwitało miasto i okolica. Filipów wraz z przedmieściami liczył do sześciu tysięcy obywateli, cała parana katolicka do dwunastu tysięcy wiernych. Takiej gęstości zaludnienia później się tu nie spotyka. Parafię obsługiwał proboszcz i trzech wikarych. Pracować musieli gorliwie na polu religijnym i oświatowym, chociażby ze względu na powstały w Filipowie zbór ariański.
Założył go w 1594 roku Krzysztof Morsztyn, starosta filipowski, który wydawszy swą siostrę za herezjarchę Faustyna Socyna, przy jego pomocy chciał tu utworzyć silną i dynamiczną placówkę ariańską. Sam gorliwie swe idee propagował na terenie starostwa i w miejscowej szkole. Tu, od założenia zboru aż do 1610 roku, przełożonym i jednocześnie kaznodzieją był Jan Voelkelius, mąż uczony i wielkiej wymowy. Tu także w 1608 roku był kaznodzieją Andrzej Wiszowaty senior. Tu był wicestarostą i gorliwym apostołem arianizmu Stanisław Wiszowaty, ożeniony z jedyną córką Socyna - Agnieszką. Z powyższego małżeństwa narodził się w Filipowie, 26 listopada 1608 roku, Andrzej Wiszowaty, największy teolog ariański, który przygotował w Europie drogę dla racjonalizmu.
    W ustawicznym wirze dysput religijnych, mimo woli kończących się napadami na proboszcza, kształciły się umysły, rosła chęć do nauki i czytelnictwa oraz kształcenia młodzieży w miejscowym gimnazjum.
    W latach 1624-1626 nawiedziła pogranicze pruskie zaraza. W 1639 roku pożar zniszczył Filipów, szkoła spłonęła. Zapewne wkrótce została odbudowana, bo 22 października 1656 roku, po bitwie stoczonej przez hetmana Wincentego Gosiewskiego tuż pod miastem ze Szwedami, ponownie została spalona, tym razem przez nieprzyjaciela. Po Szwedach przyszła zaraza, która uczyniła tak wielkie spustoszenie, że z ludnej parafii zostało zaledwie kilkaset osób, a nowych trzeba było sprowadzać z dalekiej Holandii. Przeszło dwadzieścia lat niektóre wioski stały pustką inne zupełnie zarosły lasami. Nic więc dziwnego, że w 1668 roku szkoły jeszcze nie było. Wizytator nakazywał, aby w myśl fundacji, mieszczanie szkołę wybudowali. Chętnie przyrzekli to uczynić, proboszcz zaś miał tylko dopilnować, by to wykonali. Ponowna wizytacja w 1674 roku przyśpieszyła odbudowę szkoły. W 1700 roku szkoła już była i w niej zdolny dyrektor W latach 1709-1710 dżuma nawiedziła cały kraj, zniszczyła prawie całą ludność, niektóre wioski zupełnie zostały wyludnione, szkoła zamarła. W aktach wizytacyjnych z 19 stycznia 1732 roku, z 17 października 1746 roku oraz z 11 września 1763 roku powtarzał się nakaz: „Szkółkę parafialną mieć w dozorze i doskonałego w niej trzymać dyrektora". Szczególnie podczas ostatniej z wymienionych wizytacji, biskup Massalski napominał: „Należy szkołę parafialną jak najprędzej urządzić, gdzie by nauczano dziateczki w nauce chrześcijańskiej, przykazaniach kościelnych i elementarnych podstawach nauki".
    Gorliwość biskupa Massalskiego została uwieńczona pomyślnym skutkiem. Szkołę w Filipowie reaktywowano i uczęszczało do niej wielu uczniów. Jednak budynek szkolny był stary i groził wywróceniem się, i niebezpieczeństwem. Dlatego mieszczanie w roku 1789 rozebrali go i w ciągu dwóch lat wybudowali nowy „z drzewa ciosanego w kostkę, wsparty na kamieniach, gontami kryty, z kominem nad dach wyprowadzonym, położony względem kościoła na zachód, blisko cmentarza, ma w sobie dwie izby i dwie komory; od północy izbę mniejszą z komorą, długości botów 14, szerokości botów 22, gdzie mieszka dyrektor, z piecem kachli zielonych i z kominem małym, stalowanie i pomost z tarcic, okien niewielkich z okiennicami trzy, dwa w izbie, jedno w komorze, drzwi dwoje, jedne izbowe, drugie komorne, na krukach i zawiasach żelaznych, z zaszczepkami żelaznymi. Przez sień małą od południa izba większa z komorą długości botów 33, szerokości botów 22, gdzie studenci się bawią i piecem z kachli zielonych i kominem, stołowanie i podłoga z tarcic, okien z okiennicami 4, trzy w izbie, jedno w komorze, drzwi dwoje, izbowe jedne, komorne drugie, na krukach i zawiasach żelaznych. Sień mała, gliną wybita ma dwoje drzwi, jedne z frontu większe, drugie w tyle mniejsze, na krukach i zawiasach żelaznych, ze środka zamykające się zakrętkami. Dyrektor który uczy studentów nazywa się Kazimierz Tomkiewicz, z retoryki szkół kowieńskich, mający charakter dobry, liczbę umiejący dobrze, człowiek stateczny i pilny; dopiero studenci schodzą się do ratusza póki budynek szkolny dokończony się stanie. Studentów znajduje się teraz 18, spodziewać się trzeba więcej, bo powszechnie zbiera się od pół zimy do osób 50 różnej kondycji. Dochodami szkolnymi rządzi miasto, o dyrektora się stara i utrzymanie a imć ks. proboszcz patrzy, aby dyrektor był dobry i porządek utrzymywał należyty".